Существует легенда о том, как Леонардо да Винчи искал подходящую модель для создания образов Иисуса Христа и Иуды. Однажды, художник присутствовал в церкви, слушая церковный хор, и там он увидел красивого юношу и решил, что этот молодой человек будет моделью для образа Иисуса Христа. Он пригласил его в мастерскую, чтобы сделать наброски. Прошло три года, заказчик торопил Леонардо с завершением работы, но фигура Иуды ещё не была написана. Мастер не мог найти подходящий образ. «И вот после многодневных поисков художник увидел валявшегося в сточной канаве человека — молодого, но преждевременно одряхлевшего, грязного, пьяного и оборванного. Времени на этюды уже не оставалось, и Леонардо приказал своим помощникам доставить его прямо в собор, что те и сделали». Нищий оборванец «толком не понимал, что происходит, а Леонардо запечатлевал на холсте греховность, себялюбие, злочестие, которыми дышало его лицо». Когда тот пришёл в себя и подошёл к мастеру чтобы посмотреть, что он делает, то был поражён. Он сказал, что уже видел эту картину: «Три года назад, ещё до того, как я всё потерял. В ту пору, когда я пел в хоре, и жизнь моя была полна мечтаний, какой-то художник написал с меня Христа. Может быть, у Добра и у Зла одно и то же лицо. Всё зависит лишь от того, когда встречаются они на пути каждого из нас». Существует ещё одна расхожая легенда о том, что на картине вместо Иоанна художник изобразил возлюбленную Христа — грешницу Марию Магдалину. Лик Св. Иоанна действительно имеет женственный характер. Однако, многие дилетантские рассуждения подобного рода порождены характерной особенностью творчества художника, проявленной в большинстве его живописных произведений. Существует мнение, что образы в работах художника имеют признаки гомосексуальности (при этом никаких фактов гомосексуальности самого Леонардо да Винчи не существует). Объяснение этого явления в художественном творчестве предложено Зигмундом Фрейдом в книге «Леонардо да Винчи».